疟疾对孕妇来说是非常危险的。在疟疾高发区，没有症状的孕妇——特别是初次妊娠的孕妇——应该在妊娠的中期和晚期服用由专业的医疗卫生工作者建议的抗疟药作为预防性的治疗。专业人员会知道哪一种抗疟药最合适。
孕妇在经过杀虫剂处理的蚊帐保护下睡觉也是很重要的预防措施。
有症状的恶性疟原虫感染的孕妇必须立即去专业的医疗卫生工作者那里就诊，孕早期服用奎宁，中期和晚期则用以青蒿素为基础的组合疗法（ACTS）。